Swedacs organisation består av generaldirektör Ulf Hammarström som är myndighetschef och ytterst ansvarig för hela myndigheten. Under honom finns det fem avdelningar.
Som stöd har generaldirektören ett insynsråd. Rådet fyller i princip samma funktion som en styrelse, men med begränsat ansvar och utan beslutsbefogenheter. Insynsrådet uppfyller kravet på demokratisk insyn och medborgerligt inflytande.
Myndighetens fem avdelningar är: Ackreditering, HR och kommunikation, Juridik och handelsfrågor, Myndighetsutveckling och service samt Reglerad mätteknik.
Avdelningen för ackreditering har en ackrediteringskommitté kopplad till avdelningen. Ackrediteringskommittén utövar insyn i ackrediteringsverksamheten och fungerar som ett stöd för avdelningschefen för ackreditering.
Avdelningen för Ackreditering har enheterna Miljö och hälsa, Kvalitet och planering, Industri, Fordon och kontroll samt Tekniska- och internationella frågor.
Avdelningen för Myndighetsutveckling och service har enheterna Ekonomi, IT och service samt Internationellt utvecklingssamarbete och handel.